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咸丰皇帝在人事权上面很有一套，既然江西地方官员极力弹劾湘军。而湘军也需要江西地方上的钱粮支持，那咸丰皇帝就让湘军暂时听命于江西地方官员。湘军作为客军的时候，江西地方官员还能以各种理由拒绝向湘军提供粮草供应。现在湘军听命于江西地方官员，那江西地方就没理由拒绝提供粮饷给“自己的军队”。
在曾国藩离开之后，湘军名义上的最高领导者就成了胡林翼。不过这最高领导者更多的只是一种说法或者是恭维。湘军采取的是兵为将有的制度，各个营官掌握着兵权，他们不听话，谁也没办法。而咸丰则命胡林翼带兵尽快顺流而下攻打江宁。
在湘军的军事会议上，胡林翼拿出了曾国藩提出的战略，“想剿灭粤匪，需从石达开、洪逆、韦泽，这么一个次序入手。切不可同时与之开战。”
“大人，江西局面都到了那个模样，已经不可能在江西打仗了！”此次在攻下九江的战役中立下大功的李继斌说道。
胡林翼的手下纷纷表示赞同，咸丰皇帝的确让湘军听江西指挥，可这种做法说白了就是糊弄人的权术，湘军不认，江西官员更不会认。所以该不提供粮草的，还是不提供粮草。该抢掠江西地方的，照样抢掠江西地方。这种情况下，想在江西作战就需要自带干粮。此时胡林翼的部队刚打完大仗，立刻就去江西参加围攻石达开的战役，这要求明显不靠谱。
经过一番争论之后，胡林翼的手下都认为，此时最需要的是带兵回武汉休整。休整几个月之后，部队从长江以北进发，先伙同淮北的江忠源一起攻下淮南，然后与湘军水师配合，共同拿下安庆。那时候湘军就能顺流而下，直扑江宁，消灭太平天国。
这战略倒是看着有可行之处，首先就是部队可以避开被湘军折腾的稀烂的赣北地区。胡林翼身为湖北巡抚，掌握着湘军眼下最大的粮草与兵源的供应地。从湖北的角度出发，湘军应该直接从湖北进军安徽，而不是舍近求远跑去江西作战。
此时湘军也知道了光复军进入江西作战的事情，他们就更不想去江西打仗了。若是打着打着，突然遭到光复军从背后发动的进攻，谁能受得了这个。而且有了攻克九江的经验，胡林翼手下的湘军对战胜太平军颇有信心。而且胡林翼本人虽然与曾国藩关系不错，但是他手下的湘军将领无疑更喜欢湘军的祖师爷江忠源。去长江以北作战，让符合了大伙的期待。
胡林翼固然还是很注重曾国藩的观点，但是他也不可能完全不管部下的态度，强行推行他的想法。加上部下们此时首先要求回湖北休整，胡林翼最后只能同意部下的请求。
到了八月初，太平军发现湘军攻克九江之后没有继续发动进攻之后，终于有点放下心来。此时部队整编已经完毕，五军主将以及副将们纷纷到位。尽管失去了石达开带领的十几万西征军，太平天国的守城部队以及野战军加起来不到十五万。其中野战军总数不过六万余人。